A sede foi construída pelo então proprietário da Fazenda o Marquês de Três Rios. Ela foi reformada pelo Conde de Prates e nesta obra ele incluiu 10 banheiros, aumentou a casa acrescentando suas extremidades e fazendo o sótão ser habitado. Sua preocupação era oferecer conforto aos visitantes da então Fazenda modelo. Como essas visitas vinham de trem pela antiga Companhia Paulista, precisavam dormir na Fazenda para poder voltar a São Paulo no dia seguinte. A Fazenda foi pioneira no Brasil em produzir energia elétrica e em ter na casa principal água encanada e banheiros, todo material foi inteiramente importado da Europa; azulejos, pisos, torneiras, lustres, interruptores, tomadas, banheiros, pias, bidês, vasos sanitários, enfim toda parte hidráulica e elétrica da casa. Tudo isso continua igual e preservado pois durante esses 100 anos pouquíssimo ou quase nada foi alterado. Reparem também no excelente acabamento das madeiras (portas, janelas, tetos e assoalhos), dignos de uma casa de cidade e não de Fazenda conforme os próprios hóspedes afirmavam. Toda a madeira foi desdobrada na própria Fazenda e inclusive alguns móveis foram feitos inteiramente na serraria da Fazenda, que era equipada com máquinas alemãs.